Глицерин и сахара, высвобождаемые из гликолипидов, ферментируются до летучих жирных кислот (ЛЖК). Расщепление пищевых липидов бактериями рубца обычно происходит довольно быстро, поскольку липиды подвергаются воздействию слюны во время пережевывания пищи и бактериального переваривания частиц корма. Кроме того, этот процесс обычно практически полностью завершается, так что моноглицериды или диглицериды не попадают в нижние отделы пищеварительного тракта.
Основным исключением из этого правила может быть скармливание высоконасыщенных (или гидрогенизированных) триглицеридов. Из-за очень высокой температуры плавления таких жиров и, как следствие, их низкой растворимости бактериальные ферменты не могут получить доступ к связям, соединяющим жирные кислоты с глицерином, и поэтому они попадают в нижние отделы пищеварительного тракта. К сожалению, те же ограничения растворимости и температуры плавления приводят к плохому доступу пищеварительных ферментов животного в тонкий кишечник, а также к очень плохой усвояемости в этом отделе.
Жирные кислоты, высвобождаемые в рубце, не всасываются из рубца, а попадают в сычуг и затем в тонкую кишку, которая является основным местом их всасывания. Однако профиль жирных кислот, попадающих в кишечник, будет сильно отличаться от того, что потребляло животное. Это происходит из-за обширного биогидрирования, которое происходит в рубце в результате активности бактерий.
Ненасыщенные жирные кислоты токсичны для многих видов бактерий рубца, особенно тех, которые участвуют в переваривании клетчатки. Кроме того, из-за анаэробной среды рубца существует избыток водорода, от которого микробная популяция постоянно стремится избавиться (это основная причина, по которой метан вырабатывается в рубце, поскольку он является важным «поглотителем» водорода из рубца для поддержания эффективности рубцовой ферментации). Следовательно, по мере высвобождения ненасыщенных жирных кислот из глицериновой основной цепи они быстро гидрируются до насыщенных жирных кислот. У коров, которых кормят наиболее типичными рационами, более 90 % ненасыщенных жирных кислот подвергается биогидрированию с образованием насыщенных жирных кислот, которые попадают в тонкий кишечник.
С точки зрения ферментации углеводов в рубце, биогидрирование является благоприятным процессом, поскольку оно снижает потенциальное негативное воздействие ненасыщенных жирных кислот на ферментацию клетчатки в рубце. Негативное воздействие на переваривание микробной клетчатки является основной причиной, по которой молочным коровам нельзя скармливать большое количество растительных масел. Как упоминалось выше, распад пищевых липидов до свободных жирных кислот происходит быстро и фактически быстрее, чем процесс биогидрирования. Таким образом, большие количества ненасыщенных масел могут «подавить» процесс биогидрирования и привести к нежелательному воздействию на микробную популяцию рубца. В процессе биогидрирования образуются промежуточные соединения с двойными транс-связями. Одним из них является конъюгированная линолевая кислота (CLA), которая привлекла большое внимание медицинского сообщества из-за ее мощного противоракового действия и других преимуществ для здоровья. Некоторые из этих транс-промежуточных продуктов выходят из рубца и включаются в жировые отложения и молочный жир жвачных животных. Этим объясняется относительно высокое содержание транс-жирных кислот в продуктах для жвачных животных. В условиях низкого pH рубца, который может быть результатом чрезмерного количества зерна или недостаточного количества эффективной клетчатки в рационе, возможно образование другого набора транс-промежуточных продуктов. Некоторые из этих альтернативных продуктов, особенно те, которые имеют двойную транс-связь между 10-м и 11-м атомами углерода, оказывают очень сильное ингибирующее воздействие на синтез молочного жира, что может привести к депрессии молочного жира.